Estos son los pasos requeridos para actualizar SugarCRM

Resapldar, respladar y respaldar....
Deshabilitar el cache de PHP que esten utilizando por ejemplo devbee.com/opcode_cache_for_dummies
Descargar el archivo de actualización desde el sitio de sugarcrm
Seguir el instructivo correcto de acuerdo a la versión que estas actualizando.

A continuación los pasos para actualizar de 6.1 a 6.2

Para ver la lista de versiones compatibles por aquí

Suerte. ;-)